在《新世纪福音战士OL》中，游戏剧情通过副本的推进所展示出来，在副本的推进之中，也会出现原作场景让玩家们重温经典，在完成副本的同时也能看到精彩的游戏剧情。游戏里的副本分为普通副本和日常副本两个方面。
[普通副本]
游戏中的资源主要可通过普通副本得到，普通副本中每三次为一个节点，节点存在一个节点boss，每章的最后为章节boss。打败章节boss后，可获得“使徒DNF”道具在“MAGI”系统中增加属性。
在通过副本时，根据满足的条件得到星星。每章副本得到的星星可在副本下兑换星级奖励，星级奖励分为9.18，27三种阶段。每个阶段可获得大量奖励，越高星级奖励越丰富。
同时也能看到本服星星数量的排行榜。游戏普通副本的推进都有等级限制，需要玩家满足等级之后进入。每通过指定的章节还能获得章节奖励。
[日常副本]
当你在游戏中达到26级的时候，开启历练中的日常副本玩法。日常副本挑战不同的使徒，每个使徒有其开放的限定时间。挑战不同的使徒可以得到不同的道具。
挑战一次需要消耗10点电力，由于使徒非常强大，所以得到的奖励是根据你对使徒造成的伤害越高，获得的对应奖励道具也越多。
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